Аппарат полномочного представителя президента Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе является структурным подразделением Администрации президента Российской Федерации, создан в целях обеспечения реализации президентом Российской Федерации своих конституционных полномочий, повышения эффективности деятельности федеральных органов государственной власти и совершенствования системы контроля за исполнением их решений и осуществляет свои полномочия на основании Указа президента Российской Федерации от 13 мая 2000 года № 849 "О полномочном представителе Президента Российской Федерации в федеральном округе".