После окончания института работал в Институте океанологии РАН им. П.П.Ширшова.
В 1989 году создал компанию «ЛЭК» (Лаборатория экологического контроля). Компания занималась научно-производственной деятельностью и производила экологические приборы. В 1992 году «ЛЭК» поменяла основное направление деятельности и начала заниматься недвижимостью: сначала сдавала помещения в аренду, а после 1998 года, занялась строительством жилья.
В 1998 году Андрей Рогачев вместе с партнерами Александром Гидрой, Татьяной Франкус и Игорем Видяевым основал компанию «Агроторг», в 1999 году открыл первый магазин «Пятерочка» в Санкт-Петербурге.
В 2001 году участвует в создании группы «Макромир», девелопера коммерческой недвижимости. Компания занималась строительством и сдачей в аренду торгово-развлекательных комплексов.
В 2006 году путем слияния компаний «Пятерочка» и «Перекресток» была создана X5 Retail Group, в которой Андрею Рогачеву принадлежало около 11,14% акций.
С мая 2006 года по апрель 2008 года он являлся членом Наблюдательного Совета компании X5 Retail Group N.V. В 2008 году Андрей Рогачев продает X5 Retail Group акции сети гипермаркетов «Карусель», основанной им в 2004 году, и выходит из состава Наблюдательного Совета X5 Retail Group. А в 2010 году - продав свой пакет акций, в выходит из состава акционеров Х5 Retail Group.
В 2008 году он создал инвестиционно-банковскую группу Terra On, в которую вложил примерно $1 млрд. В этом же году регистрирует на свое имя товарный знак "ЛЭК. Строительная компания №1".
В апреле 2009 года ООО «Макромир» подает иск о банкротстве компании, а в марте 2011 года Андрей Рогачев продает ее Fort Group, которая получила все шесть торговых комплексов «Макромира», в том числе "Французский бульвар", "Фиолент", "Феличита", "Сити Молл" и "замороженный" торговый центр "Долгоозерный", а также все ее долги и требования.
Образование
В 1986 году окончил Ленинградский метеорологический институт.