ФСИН России создана на основании Указа президента Российской Федерации от 09.03.2004 № 314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти", Указа президента Российской Федерации от 13.10.2004 № 1314 "Вопросы Федеральной службы исполнения наказаний"

Переданы функции Министерства юстиции РФ по обеспечению исполнения уголовных наказаний, содержания подозреваемых, обвиняемых, подсудимых и осужденных, находящихся под стражей, этапирования, конвоирования, а также контроля за поведением условно осужденных и осужденных, которым судом предоставлена отсрочка отбывания наказания, за исключением функций по принятию нормативных правовых актов.