После окончания Красноярского политехнического института работал на Западно-Сибирской ТЭЦ, где прошел путь от машиниста центрального пульта управления турбинами до директора станции.
С 1998 по 2000 год - работал исполнительным директором, первым заместителем генерального директора ОАО "Кузбассэнерго".
Андрей Вагнер также возглавлял Департамент электрических станций РАО "ЕЭС России", а затем занимал пост заместителя управляющего директора Бизнес-единицы N 2 РАО "ЕЭС России". С 2006 года - руководил ОАО "ТГК-2".
C 2009 года - занимает должность первого заместителя генерального директора ПАО "Т Плюс".
С сентября 2016 года - и.о. генерального директора "Т Плюс".

Окончил Красноярский политехнический институт.