После окончания учебы по распределению попал в многопрофильный научно-исследовательский институт при Министерстве обороны, где проработал до 1991 года Здесь же начал изучение феномена компьютерных вирусов, в октябре 1989 года впервые обнаружив на своем рабочем компьютере вирус "Cascade", разобрав его и создав первое в своей жизни компьютерное противоядие. Стал коллекционировать вредоносные программы, создавая к ним лечащие модули. Именно эта экзотическая коллекция позднее легла в основу знаменитой антивирусной базы Антивируса Касперского. Сейчас она насчитывает более 4 млн. записей и является одной из наиболее полных в мире.
В 1991 году начал работу в компании "КАМИ", где вместе с группой единомышленников развивал антивирусный проект “Antiviral Toolkit Pro” ("AVP"), прототип будущего Антивируса Касперского. Первое международное признание проекта пришло в 1994 г. «AVP», еще мало кому известный на западе, впервые был протестирован тестовой лабораторией Гамбургского университета и показал лучший результат, превзойдя по качеству обнаружения вирусов все популярные антивирусные программы.
В 1997 году Евгений Касперский вместе с коллегами принимает решение создать независимую компанию и становится одним из основателей «Лаборатории Касперского». С этого момента Евгений Касперский — бессменный руководитель антивирусных исследований компании.
В 2007 году Евгений назначен генеральным директором «Лаборатории Касперского».
12 ноября 2012 года- Следствие распутало дело о похищении сына программиста Евгения Касперского.
Cледствие завершило расследование уголовного дела о похищении сына главы компании "Лаборатория Касперского" Евгения Касперского . Материалы дела будут направлены в прокуратуру.

В 1982 году окончил физико-математическую школу-интернат №18 имени А.Н.Колмогорова при МГУ,
В 1987 году - Институт криптографии, связи и информатики по специальности "инженер-математик". затем - Институт криптографии, связи и информатики.

В 2009 году Евгению Касперскому присуждена Государственная премия Российской Федерации в области науки и технологий.
В 2010 году Евгений Касперский получил звание «Руководитель года» от журнала SC Magazine Europe.

Семья: Есть двое сыновей.