После окончания института работал в Институте океанологии РАН им. П.П. Ширшова. 
В 1989 году – создал компанию "ЛЭК" (Лаборатория экологического контроля). Компания занималась научно-производственной деятельностью и производила экологические приборы. В 1992 году "ЛЭК" поменяла основное направление деятельности и начала заниматься недвижимостью: сначала сдавала помещения в аренду, а после 1998 года, занялась строительством жилья. 
В 1998 году Андрей Рогачев вместе с партнерами Александром Гидрой, Татьяной Франкус и Игорем Видяевым основал  компанию "Агроторг", в 1999 году открыл первый магазин "Пятерочка" в Санкт-Петербурге. 
В 2001 году – участвовал в создании группы "Макромир".
В 2006 году – путем слияния компаний "Пятерочка" и "Перекресток" была создана X5 Retail Group, в которой Андрею Рогачеву принадлежало около 11,14% акций. 
С мая 2006 по апрель 2008 года – член Наблюдательного Совета компании X5 Retail Group N.V. В 2008 году Андрей Рогачев продал X5 Retail Group акции сети гипермаркетов "Карусель", основанной им в 2004 году и вышел из состава Наблюдательного Совета X5 Retail Group. А в 2010 году, продав свой пакет акций, вышел из состава акционеров Х5 Retail Group. 
В 2008 году – создал инвестиционно-банковскую группу Terra On, в которую вложил примерно $1 млрд. В этом же году зарегистрировал на свое имя товарный знак "ЛЭК. Строительная компания №1". 
В апреле 2009 года – ООО "Макромир" подал иск о банкротстве компании, а в марте 2011 года Андрей Рогачев продал ее Fort Group, которая получила все шесть торговых комплексов "Макромира", в том числе "Французский бульвар", "Фиолент", "Феличита", "Сити Молл" и "замороженный" торговый центр "Долгоозерный", а также все ее долги и требования.
Несколько лет предприниматель провел в Америке, где даже запускал проект в рознице Okey-Dokey Grocery Markets в Майами. 
Однако в 2012 году он окончательно вернулся в Россию и сосредоточился на своем новом проекте – сети универсамов "Верный".
В 2015 году – открыл в Москве новую сеть в формате магазинов фиксированных цен под брендом Fan Price.
Участник 
"Рейтинга миллиардеров ДП – 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025"
Занимал 59 место в 
"Рейтинге миллиардеров ДП – 2024". Состояние оценивалось в 17,64 млрд рублей. Основные активы: Союз Св. Иоанна Воина.