Трудовую деятельность начал в Гомельском госуниверситете, прошел путь от рядового инженера до директора Центра научно-технической информации.
С 1990 по 1991 год - генеральный директор Белорусского республиканского агентства научно-технической информации.
С 1991 по 1992 год - председатель правления СП "Инфотех".
С 1992 по 1994 год - начальник отдела маркетинга, затем директор по внешнеэкономической деятельности АО "Пирометр".
С 1994 года - генеральный директор АО "Пирометр".
В 1998 году - возглавил ОАО "Объединенный авиаприборостроительный консорциум".
С 2000 по 2009 год - генеральный директор ОАО "Корпорация "Аэрокосмическое оборудование".
В 2009 году - председатель Комитета экономического развития, промышленной политики и торговли Санкт-Петербурга.
С 2009 года - советник губернатора Санкт-Петербурга по экономике и промышленной политике.
С 2012 года - начал продавать одни промышленные активы, а на базе других в Петербурге и Москве создавать девелоперский бизнес. К 2020 году Сергей Бодрунов планирует вложить в девелопмент 22 млрд рублей, вырученные от продажи "Аэрокосмического оборудования".
Главный редактор научного журнала "Экономическое возрождение России" (издается с 1915 года, издание возобновлено в 2004 году).
С апреля 2011 года - один из учредителей и руководитель негосударственного некоммерческого партнерства по содействию в проведении научных исследований "Институт нового индустриального развития (ИНИР) им. С.Ю. Витте".
С 2016 года - президент Общероссийской общественной организации Вольное экономическое общество России (ВЭО России).
С 2018 года - президент Международного Союза экономистов (МСЭ).
Участник
"Рейтинга миллиардеров ДП - 2024"
Занимал 12 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2016". Состояние оценивалось в 55 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания, АО "Санкт-Петербургский банк инвестиций".
Занимал 17 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2017". Состояние оценивалось в 55 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.
Занимал 17 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2018". Состояние оценивалось в 56,1 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.
Занимал 21 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2019". Состояние оценивалось в 46,1 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.
Занимал 60 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2020". Состояние оценивалось в 15,89 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания, Санкт-Петербургский инвестиционный банк.
Занимал 74 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2021". Состояние оценивалось в 11,63 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.
Занимал 90 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2022". Состояние оценивалось в 8,79 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.
Занимал 93 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2023". Состояние оценивалось в 7,84 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.