Трудовую деятельность начал в Гомельском госуниверситете, прошел путь от рядового инженера до директора Центра научно-технической информации.

С 1990 по 1991 год - генеральный директор Белорусского республиканского агентства научно-технической информации.

С 1991 по 1992 год - председатель правления СП "Инфотех".

С 1992 по 1994 год - начальник отдела маркетинга, затем директор по внешнеэкономической деятельности АО "Пирометр".

С 1994 года - генеральный директор АО "Пирометр".

В 1998 году - возглавил ОАО "Объединенный авиаприборостроительный консорциум".

С 2000 по 2009 год - генеральный директор ОАО "Корпорация "Аэрокосмическое оборудование".

В 2009 году - председатель Комитета экономического развития, промышленной политики и торговли Санкт-Петербурга.

С 2009 года - советник губернатора Санкт-Петербурга по экономике и промышленной политике.

С 2012 года - начал продавать одни промышленные активы, а на базе других в Петербурге и Москве создавать девелоперский бизнес. К 2020 году Сергей Бодрунов планирует вложить в девелопмент 22 млрд рублей, вырученные от продажи "Аэрокосмического оборудования".

Главный редактор научного журнала "Экономическое возрождение России" (издается с 1915 года, издание возобновлено в 2004 году).

С апреля 2011 года - один из учредителей и руководитель негосударственного некоммерческого партнерства по содействию в проведении научных исследований "Институт нового индустриального развития (ИНИР) им. С.Ю. Витте".

С 2016 года - президент Общероссийской общественной организации Вольное экономическое общество России (ВЭО России).

С 2018 года - президент Международного Союза экономистов (МСЭ).

Участник "Рейтинга миллиардеров ДП - 2023"

Занимал 12 место в "Рейтинге миллиардеров ДП - 2016". Состояние оценивалось в 55 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания, АО "Санкт-Петербургский банк инвестиций".

Занимал 17 место в "Рейтинге миллиардеров ДП - 2017". Состояние оценивалось в 55 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.

Занимал 17 место в "Рейтинге миллиардеров ДП - 2018". Состояние оценивалось в 56,1 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.

Занимал 21 место в "Рейтинге миллиардеров ДП - 2019". Состояние оценивалось в 46,1 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.

Занимал 60 место в "Рейтинге миллиардеров ДП - 2020". Состояние оценивалось в 15,89 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания, Санкт-Петербургский инвестиционный банк.

Занимал 74 место в "Рейтинге миллиардеров ДП - 2021". Состояние оценивалось в 11,63 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.

Занимал 90 место в "Рейтинге миллиардеров ДП - 2022". Состояние оценивалось в 8,79 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания.

В 1980 году - окончил математический факультет Гомельского государственного университета им. Ф.Скорины.
В 1993 году - Международную высшую школу менеджмента в Брюсселе.
Окончил докторантуру Российской экономической академии им. Г.В. Плеханова. Доктор экономических наук.

Награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени, медалью "300 лет Российскому флоту", медалью Российского авиационно-космического агентства "Звезда Голубой планеты", медалью "В память 300-летия Санкт-Петербурга", знаком "Почетный авиастроитель" Российского авиационно-космического агентства, "Знаком почета" Национальной ассоциации авиаприборостроителей.