Начиная с 1992 года, Микаил Шишханов совмещал учебу с работой в АОЗТ "Промышленно-финансовая компания "БИН", где за короткий срок занял пост генерального директора.
С июня 1994 года - начальник Управления по организации межбанковских связей и представителей банка в регионах, заместитель председателя Правления, вице-президент Акционерного коммерческого банка "БИН".
С 1996 по июль 2015 года - президент, председатель Правления ПАО "БИНБАНК". Затем возглавлял Совет директоров БИНБАНКа.
С ноября 2016 года - президент, председатель Правления ПАО "БИНБАНК".
С сентября 2017 по март 2018 года - председатель Совета директоров БИНБАНКа.