В банковской сфере работает с 1993 года.
С 1995 года - возглавлял валютное управление, а затем Казначейство в Санкт-Петербургском Банке реконструкции и развития.
С 1997 года - заместитель начальника финансового управления, начальник Казначейства в КБ "Балтонэксим банк".
С 1999 по 2003 год - заместитель председателя Правления ОАО "Международный банк Санкт-Петербурга".
С 2003 года - первый заместитель председателя Правления ОАО "Промышленно-строительный банк".
В 2006 году - создал и возглавил Группу БФА.
Занимал должности президента ЗАО "Группа БФА", председателя Совета директоров ПАО "Банк БФА", ООО "УК "БФА", ЗАО "БФА", ЗАО "Интерлизинг", ЗАО "ПЦРК", НПФ ПСБ.
С октября 2015 по 17 марта 2016 года - председатель Правления АО "СМБ-Банк".
С марта 2016 года - председатель Правления Банка "Александровский".
В начале 2015 года Евгений Лотвинов продал свою долю в банке "БФА" (20,06%), а ранее доли в компании "Интерлизинг" (21,5%) и ЗАО "Группа БФА" (83,8%).
В 2015 году Евгений Лотвинов приобрел СМБ-Банк, а в 2016 году вместе с Игорем Лейтисом - банк "Александровский".
Занимал 167 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2015". Состояние оценивалось в 2,2 млрд рублей. Основные активы: Банк БФА (экс-совладелец).
Занимал 216 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2016". Состояние оценивалось в 1,6 млрд рублей. Основные активы: Банк "Александровский", СМБ-Банк.
Занимал 244 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2017". Состояние оценивалось в 1,6 млрд рублей. Основные активы: Банк "Александровский".
Занимал 279 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2018". Состояние оценивалось в 1,2 млрд рублей. Основные активы: Банк "Александровский".
Занимал 326 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП - 2019". Состояние оценивалось в 1 млрд рублей. Основные активы: Банк "Александровский".