Трудовую деятельность начал в Гомельском госуниверситете, прошел путь от рядового инженера до директора Центра научно-технической информации.

С 1990 по 1991 год – генеральный директор Белорусского республиканского агентства научно-технической информации.

С 1991 по 1992 год – председатель правления СП "Инфотех".

С 1992 по 1994 год – начальник отдела маркетинга, затем директор по внешнеэкономической деятельности АО "Пирометр".

С 1994 года – генеральный директор АО "Пирометр".

В 1998 году – возглавил ОАО "Объединенный авиаприборостроительный консорциум".

С 2000 по 2009 год – генеральный директор ОАО "Корпорация "Аэрокосмическое оборудование".

В 2009 году – председатель Комитета экономического развития, промышленной политики и торговли Санкт-Петербурга.

С 2009 года – советник губернатора Санкт-Петербурга по экономике и промышленной политике.

С 2012 года – начал продавать одни промышленные активы, а на базе других в Петербурге и Москве создавать девелоперский бизнес. К 2020 году Сергей Бодрунов планирует вложить в девелопмент 22 млрд рублей, вырученные от продажи "Аэрокосмического оборудования".

Главный редактор научного журнала "Экономическое возрождение России" (издается с 1915 года, издание возобновлено в 2004 году).

С апреля 2011 года – один из учредителей и руководитель негосударственного некоммерческого партнерства по содействию в проведении научных исследований "Институт нового индустриального развития (ИНИР) им. С.Ю. Витте".

С 2016 года – президент Общероссийской общественной организации Вольное экономическое общество России (ВЭО России).

С 2018 года – президент Международного Союза экономистов (МСЭ).

Участник "Рейтинга миллиардеров ДП – 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025"

Занимал 106 место в "Рейтинге миллиардеров ДП – 2024". Состояние оценивалось в 7,84 млрд рублей. Основные активы: Санкт-Петербургская инвестиционная компания (СПИК).

В 1980 году – окончил математический факультет Гомельского государственного университета им. Ф.Скорины.
В 1993 году - Международную высшую школу менеджмента в Брюсселе.
Окончил докторантуру Российской экономической академии им. Г.В. Плеханова. Доктор экономических наук.

Награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени, медалью "300 лет Российскому флоту", медалью Российского авиационно-космического агентства "Звезда Голубой планеты", медалью "В память 300-летия Санкт-Петербурга", знаком "Почетный авиастроитель" Российского авиационно-космического агентства, "Знаком почета" Национальной ассоциации авиаприборостроителей.