В банковской сфере работал с 1993 года.
С 1995 года – возглавлял валютное управление, а затем Казначейство в Санкт–Петербургском Банке реконструкции и развития.
С 1997 года – заместитель начальника финансового управления, начальник Казначейства в КБ "Балтонэксим банк".
С 1999 по 2003 год – заместитель председателя Правления ОАО "Международный банк Санкт–Петербурга".
С 2003 года – первый заместитель председателя Правления ОАО "Промышленно–строительный банк".
В 2006 году – создал и возглавил Группу БФА.
Занимал должности президента ЗАО "Группа БФА", председателя Совета директоров ПАО "Банк БФА", ООО "УК "БФА", ЗАО "БФА", ЗАО "Интерлизинг", ЗАО "ПЦРК", НПФ ПСБ.
С октября 2015 по 17 марта 2016 года – председатель Правления АО "СМБ–Банк".
В марте 2016 года – председатель Правления Банка "Александровский".
В начале 2015 года Евгений Лотвинов продал свою долю в банке "БФА" (20,06%), а ранее доли в компании "Интерлизинг" (21,5%) и ЗАО "Группа БФА" (83,8%).
В 2015 году Евгений Лотвинов приобрел СМБ–Банк, а в 2016 году вместе с Игорем Лейтисом – банк "Александровский".
Участник
"Рейтинга миллиардеров ДП – 2016, 2017, 2018, 2019"
Занимал 326 место в
"Рейтинге миллиардеров ДП – 2019". Состояние оценивалось в 1 млрд рублей. Основные активы: Банк "Александровский".